Gracias a una licencia del obispo de Coria y a una bula papal de Inocencio VIII, Bartolomé de Oviedo, vecino de Alcántara, comienza en 1478 la construcción de lo que será el convento de San Bartolomé.

El 20 de enero de 1493, la Orden de San Francisco tomó posesión del edificio.

Los primeros años del convento fueron bastante difíciles debido a la oposición de la Orden de Alcántara, por este motivo los franciscanos recurren a los Reyes Católicos que toman bajo su real amparo al convento y a sus frailes.

Esta comunidad franciscana fue muy respetada y apreciada por los vecinos de Alcántara, a la que en muchas ocasiones socorrieron con limosnas, entrando, además, muchos de ellos a formar parte de la vida monacal.

En 1548, San Bartolomé pasó a formar parte de la provincia franciscana de San Miguel, poco después se designa al Convento alcantarino como una de las casas destinadas al retiro y a la oración, por ser modesta y alejada de la población, contando en esta época con cincuenta frailes, que disponían de una huerta, un estanque y dos ermitas.

En 1674 se instauran estudios de Teología y Moral, considerados honra y señal de distinción dentro de la Orden.

Tras la Guerra de Sucesión el Convento quedó arrasado, se reconstruyó gracias a la colaboración del Concejo y al Marqués de Buscayolo, nombrado patrón desde 1742 como atestiguan sus armas.

En 1835 con la desamortización y exclaustración de los frailes comienza una etapa de deterioro para el edificio, finalmente subastado. Cambia de dueños con relativa frecuencia, hasta que a comienzos del s. XX se instala en el edificio una industria harinera.

En los últimos años el edificio ha sido rehabilitado, con el fin de utilizarlo como alojamiento de calidad dentro de la red de Hospederías de Turismo de la Junta de Extremadura.