Esta iglesia siempre tuvo los títulos de Conventual, Arciprestal y Parroquial. Su arcipreste debía ser religioso de la Orden de Alcántara y lo nombraba el rey a propuesta del consejo de órdenes tras superar varios exámenes.
Asentada en uno de los lugares más altos de la antigua Villa, la iglesia se construye sobre la mezquita. Para el origen del nombre existen dos teorías, la primera es que almocóvar proviene de "Al-Mocovara" que significa "el lugar más alto", y la segunda es que su nombre derivaría de "Al-Maqâvir", "el cementerio".
Al parecer, tras la conquista de la población, la adaptación de la mezquita fue suficiente para el culto cristiano; poco después, se inició la construcción de un nuevo tempo siendo maestre D. García Fernández en el año de 1254. Este lugar, enterramiento de numerosos miembros de la Orden, sufrirá notables transformaciones en los siglos XVI y XVII.
El tempo original era románico, construido a base de sillería. Constaba de tres naves, cubiertas por techos de madera, la central más ancha y elevada que las laterales. De este momento se conservan las tres portadas, siendo la principal uno de los pocos ejemplos del románico en Extremadura. Enmarcada por dos contrafuertes se abre la portada con arquivoltas sobre capiteles con decoración vegetal apoyados sobre columnas exentas. In rosetón, un alero con canecillos y dos ventanas caladas completan el sencillo conjunto.
A lo largo del siglo XVI se acometen numerosas reformas en las que intervienen artífices de la talla de Martín de Elordieta, Pedro de Ibarra, Juan Bravo que ejecuta los planos de Francisco de Mora.
El estado actual del templo es resultado de las reformas llevadas a cabo en el siglo XVII por el arquitecto Manuel Larra de Churriguera, que también ejecutó las obras del atrio.
En su interior se conservan algunas piezas de interés procedentes del Convento de San Benito. el sepulcro del comendador Frey Antonio Bravo de Jerez, magnifica pieza en alabastro, realizada por Lucas Mitata, en el año de 1564; cinco tablas de Luis de Morales que se encuentran en la sacristía, destacando por su buena factura una tabla de la Virgen con el Niño.
En la iglesia también pueden contemplarse un Cristo Yacente atribuido a Martínez Montañés, una talla de Sebastián de Paz de 1639, el sepulcro del Maestre Yañez de la Barbuda, así como la pila donde fue bautizado San Pedro de Alcántara.
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